Управљачки систем тунелске пећи обично користи компјутерски систем или програмабилни логички контролер (ПЛЦ) за потпуно аутоматизовано праћење. Систем омогућава вишезонску, независну ПИД контролу температуре, обезбеђујући уједначену и стабилну температуру у пећници.
Надгледани параметри обухватају кључне варијабле процеса – као што су температуре зоне, брзина транспортне траке, унутрашњи притисак у пећници и разлика притиска у високоефикасним филтерима – а систем укључује функције аларма. Штавише, савремени контролни системи могу да интегришу праћење честица на мрежи за континуирано праћење броја честица у ваздуху у критичним областима (као што је зона хлађења) и активирање аларма ако су границе прекорачене. Централизовано праћење и управљање подацима за више јединица пећнице може се постићи путем комуникационих метода као што је Етхернет.
